-cinetoplasto: provavelmente é uma mitocôndria especializada, sendo muito rico em DNA;
-corpúsculo basal: base de inserção de cilios e flagelos;
-reservatório: supõe-se que seja um local de secreção, excreção e ingestão de macromoléculas, por pinocitose;
-lisossoma: permite a digestão intracelular de partículas;
-aparelho de Golgi: síntese de carboidratos e condensação da secreção proteica;
-reticulo endoplasmático: a) live—síntese de esteroides; b) granuloso—síntese de proteínas;
-mitocôndria: produção de energia;
-microtúbulos: movimentos celulares (contração e distensão);
-flagelos, cílios, membrane ondulante e pseudopodos: locomoção;
-axonema: eixo do flagelo;
-citóstoma: permite ingestão de partículas.
Cada organela é mais ou menos semelhante nas varias espécies, entretanto, ocorrem pequenas diferenças que podem ser observadas ao microscópio óptico ou unicamente ao microscópio eletrônico. Aliás, hoje, a protozoologia só pode ser bem estudada à luz do microscópio eletrônico e da bioquímica e fisiologia celular.
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