Quanto a sua morfologia, os protozoários apresentam grandes variações, conforme sue fase evolutiva e meio a que estejam adaptados. Podem ser esféricos, ovais ou mesmo alongados. Alguns são revestidos de cílios, outros possuem flagelos, e existem ainda os que não possuem nenhuma organela locomotora especializada .
Dependendo da sua atividade fisiológica, algumas espécies possuem fases bem definidas. Assim, temos:
Trofozoíto: É a forma ativa do protozoário, na qual ele se alimenta e se reproduz, por diferentes processos.
Cisto: É a forma de resistência ou inativa. O protozoário secreta uma parede resistente (parede cística) que o protegerá quando estiver em meio impróprio ou em fase de latência. Freqüentemente há divisão nuclear interna durante a formação do cisto.
Gameta: É a forma sexuada, que aparece em algumas espécies. O gameta masculino é o microgameta, e o feminino é o macrogameta.
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